La ciudad de Santa Marta construyó su Catedral a finales del siglo XVIII, siendo consagrada a principios del siglo XIX en honor a su patrona santa Marta. Desde el siglo XVII, Santa Marta había contado con su iglesia Mayor construida por el obispo Sebastián de Ocando, la cual fue arruinada por Goodson en 1655 y terminada de destruir por los piratas Coz y Duncan en 1677. El obispo Diego de Baños la reconstruyó en 1678, sucumbiendo a un temblor en 1682 que le averió los arcos, nuevamente deteriorada se realizaron unas obras de mejora en 1711.
A los pocos años el santo recinto era una ruina total, por ello se solicitaron recursos para su reparación y se dispusieron 6.000 pesos, que no fueron utilizados porque un fuerte temblor la dejó destruida en enero de 1752. Inmediatamente el virrey marqués del Villar, comisionó al ingeniero militar Manuel Hernández para que realizara su diagnóstico sobre la situación de la ciudad y su Catedral, opinando como ociosa cualquier intención por repararla, recomendando construir una nueva en un sitio más extenso y cómodo, porque ésta se hallaba situada de espalda a la ciudad y de frente a la marina.
El ingeniero Hernández en su informe revela su mal estado constructivo:
La Catedral se halla incapaz de remedio, abiertos sus muros, los arcos fuera de aplomo como la Torre, y q.e todo amenaza ruina, por ser la fábrica de barro y ladrillo.
Decidida la construcción de una nueva Catedral, el virrey Pedro Messía de la Cerda, comisiona al ingeniero militar Antonio de Narváez y La Torre, acompañado del delineador Juan Cayetano Chacón, para que elaboraran los planos y perfiles de la nueva Catedral, con un presupuesto de 54.093 pesos. Por fin, el 8 de diciembre de 1766 paradójicamente el día de la Inmaculada Concepción, se colocó la primera piedra. La construcción de la obra fue lenta por los pocos recursos decretados por el monarca, por muchos años permaneció en cimientos y con riesgo de perder lo invertido. Ya el presupuesto ascendía a 59.000 pesos.
El Tratado de París de 1763, puso fin al primer capítulo de la Guerra por el III Pacto de Familia (1762-1763), entre España e Inglaterra, el ambiente de paz hace que en el último cuarto del siglo XVIII, haya un inusitado interés por parte de la Corona española en impulsar la construcción de los edificios religiosos, a ello contribuyó la presión ejercida por los obispos; fue así como todo el empeño estuvo centrado en la construcción de la nueva Catedral. Las obras de fortificación dejaron de ser importantes, aún cuando los refuerzos contemplados en el plan de defensa de Agustín Crame de 1778, los realizaría parcialmente el gobernador Narváez, años más tarde.
El virrey Manuel Guirior opinaba que era más urgente fortificar la plaza, que construir un edificio "demasiado lujoso y magnífico para una población tan pequeña". Por lo que mandó a suspender los trabajos y propuso suprimir el obispado de Santa Marta, agregándolo a la mitra de Cartagena. A decir verdad, el volumen de la Catedral estaba fuera de contexto, era una obra demasiada imponente para el perfil urbano que presentaba la ciudad para esa época.
Los trabajos de la Catedral no avanzaban, vinieron a intensificarse entre los años de 1790 y 1794, con el concurso del director de reales obras, el ingeniero militar Antonio Marchante. En septiembre de 1794, Marchante entregó terminada la Catedral en obra blanca, pero faltaba lo necesario para su puesta en servicio como: ornamentos, pilas, silletería, vasos sagrados, libro, órgano, cómodas, etc. Sólo hasta julio de 1796, el gobernador Antonio de Samper, hace entrega formal de la obra para su consagración.
